Obszar chronionego krajobrazu
„Pojezierze Północnej Suwalszczyzny” – w północnej części Miasta, na powierzchni 1.154,42 ha ochronie podlega półnaturalny krajobraz o urozmaiconej polodowcowej rzeźbie terenu, z licznymi kemami, ozami i wzniesieniami morenowymi.
Obszary Natura 2000
W obrębie naszego Miasta znajdują się fragmenty trzech obszarów Natura 2000, z których „Puszcza Augustowska” obejmuje ten sam teren (tzw. „Las Suwalski”) i powierzchnię- 373,74 ha jako 2 obszary podlegające ochronie z powodu zarówno Dyrektywy ptasiej jak i Dyrektywy siedliskowej.
„Ostoja Wigierska” 15,7 ha to trzeci z obszarów Natura 2000, który obejmuje powierzchnię 15,7 ha przy ul. Sejneńskiej, w graniach Miasta, stanowiący odizolowany fragment głównego obszaru chronionego o tej nazwie, pokrywającego się w przybliżeniu z granicami Wigierskiego Parku Narodowego.
 
Rezerwat archeologiczny
Utworzony w 1959 roku rezerwat „Cmentarzysko Jaćwingów”, położony na północ od ul. Szwajcaria, o powierzchni 3,39 ha, chroni fragmentu lasu (boru świeżego) na terenie, którego znajduje się jaćwieskie cmentarzysko kurhanowe pochodzące z II-IV wieku naszej ery składające się z kilkunastu kurhanów o średnicy 6-21 metrów, zbudowanych z kamieni, w znacznej części przykrytych warstwą ziemi. Znajduje się tutaj ponad 170 roślin naczyniowych, z których 4 podlegają ścisłej ochronie.
 
Pomniki przyrody
Aktualnie na terenie Suwałk na nieruchomościach komunalnych, ale także prywatnych, znajdują się 33 drzewa, które wyróżniają się znacznym wiekiem, dużymi rozmiarami, czy też, jak „Dąbek Wolności” są wyjątkowe z przyczyn historyczno-kulturowych. Szczególnie okazałymi rozmiarami odznacza się zwłaszcza 5 drzew:

•  Wierzba krucha – bezsprzecznie najgrubsze suwalskie drzewo, o obwodzie 673 cm, znajdujące się przy ul. 1 Maja, na brzegu rzeki Czarna Hańcza,
 
•  Wierzba krucha „Aleksandra” – pomnik przyrody o obwodzie 580 cm, znajdująca się na brzegu zalewu Arkadia, na odcinku pomiędzy kąpieliskiem a ul. Zarzecze,
 
•  Dąb szypułkowy „Kameduł” - majestatyczne drzewo o obwodzie pnia 445 cm, znajdujące się w pasie drogowym ul. Wigierskiej,

•  Modrzew europejski, największe drzewo tego gatunku na terenie Suwałk, o obwodzie 296 cm, na prywatnej posesji przy ul. Wylotowej 11,

•  Jabłoń domowa – posadzone w dwudziestoleciu międzywojennym drzewo, o obwodzie 196 cm, w prywatnym sadzie przy ul. Wylotowej 11

W parku im. Konstytucji 3 Maja rośnie dąb szypułkowy, zwany powszechnie „Dąbkiem Wolności”, posadzony w 1923 roku w 130 rocznicę uchwalenia Konstytucji 3 Maja.

Stanowisko dokumentacyjne
W północno-wschodniej części Suwałk, przy ul. Czarnoziem, na nieruchomości prywatnej znajduje się odsłonięcie geologiczne, chronione jako stanowisko dokumentacyjne uchwałą Rady Miejskiej Nr XIV/113/95 z 30 sierpnia z 1995 roku. Miejsce to ma na celu zachowanie wyjątkowego stanowiska geologicznego z różnowiekowymi osadami lodowcowymi, powstałymi 100 000 lat p.n.e. Jest jedynym w północno-wschodniej Polsce stanowiskiem osadów eemskich, które odsłaniają się na powierzchni.