Powstanie i rozwój Suwałk – najpierw jako wsi, a z czasem miasta – nierozerwalnie wiąże się z działalnością osadniczą i kolonizacyjną zakonu kamedułów, którzy w 1667 roku, z nadania króla Jana Kazimierza, stali się właścicielami rozległych dóbr obejmujących znaczny obszar dzisiejszej Suwalszczyzny.
Zanim to nastąpiło, ziemie te znajdowały się we władaniu Jaćwingów o czym do dziś świadczą, rozrzucone wokół Suwałk, liczne stanowiska archeologiczne i pozostałości osad obronnych. W końcu XIII wieku nastąpił jednak ostateczny upadek Jaćwieży, która nie potrafiła przeciwstawić się napierającym z zachodu Krzyżakom, a pojaćwieskie ziemie stały się przedmiotem długotrwałego sporu o prawa do ich sukcesji. Po 1422 roku obszar ten znalazł się w Wielkim Księstwie Litewskim i stanowił dobra hospodarskie, a później królewskie. Pokrywające go, niedostępne puszcze, na wiele lat stały się terenem wielkoksiążęcych i królewskich łowów. Po objęciu go przez kamedułów, ich centrum stała się wyspa Wigry, gdzie w pierwszej połowie XVIII wieku, w miejscu królewskiego dworu myśliwskiego, wzniesiony został imponujący klasztor i kościół. Nowi właściciele niemal natychmiast rozpoczęli systematyczną eksploatację puszczańskich bogactw. Karczowali lasy, zakładali rudy i smolarnie, sprowadzali osadników i zakładali nowe wsie.
Jedną z nich były również Suwałki, o których pierwsza wzmianka pochodzi z roku 1688. Dwa lata później nowina, czyli nowo założona wieś, liczyła dwa dymy. W roku 1700 wymieniano już Suwałki Małe i Suwałki Wielkie. W pierwszej dekadzie XVIII stulecia, podobnie jak cały region, Suwałki spustoszyło „morowe powietrze”. Według sporządzonej w 1711 roku Lustracji Dymów (…) w Dobrach Wygierskich, spośród znajdujących się tu 22 dymów, zasiedlonych pozostało tylko pięć. W epidemii zmarło 249 mieszkańców, a ocalało zaledwie dziesięcioro (w dobrach kamedulskich zmarło 2581 osób, a ocalało jedynie 363).
Klęska, która tak bardzo dotknęła Suwalszczyznę sprawiła, że kolejne dziesięciolecia zdominowały wysiłki związane z odbudową zniszczeń. Zakonnicy zdawali sobie sprawę z dogodnego położenia Suwałk, leżących w sercu ich posiadłości, przy ważnym trakcie handlowym z Grodna i Merecza do Królewca oraz miejscu krzyżowania się dróg z Augustowa i Bakałarzewa, toteż wiązali z nimi szczególne plany. 16 kwietnia 1710 roku wyjednali u króla Augusta II zgodę na odbywanie tu targów i jarmarków, a 2 czerwca tego roku rozpoczęli budowę drewnianego kościoła pod wezwaniem Świętego Krzyża. Pięć lat później, 3 grudnia 1715 roku, przeor wigierskiego klasztoru ojciec Ildefons ogłosił dokument erygujący miasto. Na jego podstawie, kameduli uwolnili jego mieszkańców od pańszczyzny pełnionej dotąd dla dworu w Żywej Wodzie, ustalili władze miejskie: subdelegata (został nim Antoni Pobielski), pisarza miejskiego (Antoni Rowiński), dwóch rajców i sześciu ławników oraz wskazali 300 placów pod przyszłą zabudowę. „Panowie mieszczanie” przez 7 lat mogli korzystać ze zwolnienia od opłat czynszowych. Otrzymali też 83 włóki (ok. 1803 ha) okolicznego lasu przeznaczonego do karczunku pod uprawę roli, nadto na zasiew jęczmienia dwa uroczyska na Czarnej Ziemi (…) i nad jeziorem Krzywym oraz łąki w kilku uroczyskach. Kameduli stworzyli też zręby założeń urbanistycznych. Wytyczyli rynek i nowe ulice, zadbali o utrzymanie świątyni, a później budowę ratusza. Przywilej lokacyjny zezwalał również na osiedlanie się w mieście Żydów. Fundatorzy poczynili jednak pewne zastrzeżenia, stwierdzając w nim, że żaden w rynku domostwa, ani placu mieć nie może, i nie powinien; tylko na osobliwych swych placach i ulicy Żydowskiej zwanej.
2 marca 1720 roku, lokację kamedulską potwierdził przywilej króla Augusta II, kończący proces tworzenia miasta. Zgodnie z nowym przywilejem władze w mieście sprawowali powoływani przez klasztor: wójt, burmistrz oraz ławnicy. Mieszczanie zyskali 18-letni okres zwolnienia z podatku powiatowego, a miasto zezwolenie na cotygodniowy targ i cztery jarmarki w roku. W przywileju określony został także wizerunek miejskiej pieczęci (herbu) z wyobrażeniem Świętego Romualda i Świętego Rocha (…) przy trzech górach z krzyżem y z koroną. W 1789 roku, miasto liczyło 199 dymów i 1030 mieszkańców. W 1796 roku dochód roczny z miasta wynosił 9488 złotych polskich i 23 grosze. Mimo, że większe od Suwałk były wówczas Augustów i Przerośl, miasto stanowiło ważny ośrodek regionu, który już kilkadziesiąt lat później wyprzedził inne i wybił się na jego stolicę. Po trzecim rozbiorze Polski, w 1794 roku miasto zajęły wojska pruskie. Dwa lata później, po kasacie klasztoru wigierskiego i konfiskacie jego majątku, Suwałki stały się miastem królewskim. W roku następnym wyznaczone zostały na siedzibę władz powiatu wigierskiego. Najpewniej w tym czasie powstały tu pierwsze, przeznaczone na potrzeby administracji budynki murowane. U schyłku stulecia miasto liczyło 1184 mieszkańców i 216 domów. Od 1802 roku rosła też liczba Żydów, władze pruskie wydały bowiem przepisy zezwalające na swobodne osiedlanie się ich w mieście.
Jednocześnie po przeniesieniu siedziby powiatu wigierskiego do Sejn (później przemianowanego na sejneński), utraciły dotychczasową funkcję ośrodka administracyjnego. 16 stycznia 1816 roku postanowieniem namiestnika Królestwa Polskiego o podziale administracyjnym kraju, zostało utworzone województwo augustowskie, z siedzibą w Suwałkach. Początkowo, władze wojewódzkie urzędowały w Łomży, a przeprowadzka Komisji Wojewódzkiej do Suwałk miała miejsce latem 1817 roku. Stale pojawiały się też głosy domagające się ulokowania siedziby władz w Augustowie, a o ich pozostaniu w Suwałkach przesądziła dopiero lustracja województwa augustowskiego, którą latem 1819 roku przeprowadził namiestnik Królestwa Polskiego gen. Józef Zajączek. W jej trakcie zwiedził on m.in. Kalwarię, Mariampol, Sejny, Łomżę, Augustów oraz Suwałki, które wypadły w jego oczach najkorzystniej. Suwałki, – pisał w raporcie z inspekcji – tak okrzyczane przez urzędników naszych miejsce, znalazłem najprzystojniejszem między miastami województwa augustowskiego na umieszczenie, czyli raczej utrzymanie w niem nadal Komisji Wojewódzkiej. Miasto to ma ośm domów, które wśród Warszawy za porządne ujśćby mogły. Leży nad rzeką, której woda dogadzając potrzebie mieszkańców czyni powietrze zdrowem i czystem. Nadto położenie Suwałk w środku województwa usprawiedliwia przeznaczenie miasta tegoż na stolicę. Później, występując przed Radą Administracyjną Królestwa Polskiego, Zajączek sugerował również potrzebę umieszczenia w mieście siedziby biskupiej oraz przeniesienie z Łomży – która jest najnikczemniejszym w świecie miasteczkiem – do Suwałk władz sądowniczych. Siedziba diecezji pozostała jednak w pobliskich Sejnach. Natomiast w 1823 roku do Suwałk przeniesiono Wydział II Trybunału Cywilnego, a dwa lata później wydział hipoteczny. Jeszcze w trakcie pobytu namiestnika w Suwałkach zapadły inne ważne decyzje. Nakazał on m.in. przeprowadzić rozbiórkę chylącego się do upadku, starego ratusza, wyasygnował fundusze na zakup i rozbudowę budynku Komisji Wojewódzkiej oraz wyłożenie w mieście bruków. Odtąd też Urząd Municypalny stał się dysponentem dochodów z propinacji, które dotychczas należały do ekonomii wigierskiej.
Decyzja o utrzymaniu w Suwałkach siedziby władz wojewódzkich, choć nadal tymczasowa, w ogromnym stopniu zaważyła na dalszych losach miasta, a podjęte wówczas prace regulacyjne wyraźnie zmieniły jego oblicze. Po rozbiórce starego ratusza i likwidacji przykościelnego cmentarza (dotąd znajdujących się w obrębie Starego Rynku) założono tam ogród spacerowy, miejsce targów i jarmarków przeniesiono natomiast do wschodniej części miasta. Wytyczono też nowe ulice, m.in. Jerozolimską i Nowy Świat, które miały stanowić dzielnicę żydowską. Główną osią miasta pozostał odcinek szosy petersbursko-warszawskiej, który na południe od Starego Rynku otrzymał nazwę Prospektu Petersburskiego, a na północ Kowieńskiego Przedmieścia. W 1820 roku na północnych obrzeżach Starego Rynku rozpoczęto budowę kościoła pod wezwaniem św. Aleksandra (planowanego jako katedralny), który miał zastąpić pochodzącą jeszcze z okresu lokacji kamedulskiej, drewnianą świątynię, położoną w centrum rynku. Rok później zakończono budowę murowanej synagogi przy ul. Jerozolimskiej, a w 1829 roku budynku poczty. Przybywało też mieszkańców, których liczba w 1827 roku, w porównaniu z rokiem 1806, wzrosła trzykrotnie i wynosiła 3753 osoby. Stale rosła również liczba nowych budynków, których we wspomnianym 1827 roku było już 357, w tym 40 murowanych. Pamiętać przy tym trzeba, że rozwój miasta, wyraźnie hamowały powracające co pewien czas projekty przeniesienia siedziby władz województwa do do Augustowa, którym kres położył dopiero car Mikołaj I w roku 1835.
Zanim to nastąpiło miastem i okolicą wstrząsnęły wydarzenia powstania listopadowego. W Suwałkach zawiązała się wówczas Rada Obywatelska Województwa Augustowskiego, której prezesem został Franciszek Osipowski. Prowadzono zbiórkę kosztowności i ofiar pieniężnych, przystąpiono też do formowania powstańczych wojsk. Niestety już wkrótce, bo 11 lutego, Suwałki zajęły wojska rosyjskie, a na uczestników powstania spadły represje i kary. W połowie XIX stulecia, po zniknięciu groźby utraty wojewódzkiej stołeczności, Suwałki przeżyły nieprawdopodobny rozkwit. Jego podwaliny stanowił zatwierdzony w 1826 roku plan regulacyjny miasta, który na blisko sto lat przesądził o kierunkach i charakterze zabudowy. Choć nadal dominowały budynki drewniane, systematycznie rosła liczba budowli murowanych, których w roku 1849 było już 128, wśród nich okazałe, nadające wielkomiejskiego charakteru, obiekty rządowe. W 1835 roku zakończono budowę odwachu, a w 1844 przyległego doń ratusza. Mniej więcej w tym samym czasie powstały również: cerkiew prawosławna, kościół ewangelicki, szpital św. Piotra i Pawła, jatki miejskie i okazały gmach gimnazjum, które w 1839 roku przeniesiono z Sejn. W latach 1840–1849 nakładem poważnych środków dokonano przebudowy kościoła św. Aleksandra. Projektantami tych prac byli tak wybitni architekci jak Piotr Aigner, Antonio Corazzi, Henryk Marconi, a wielu późniejszych, budowniczy gubernialny Karol Majerski. Poprawie wizerunku i bezpieczeństwa miasta służył, wprowadzony w 1847 roku, zakaz stawiania nowych domów drewnianych przy obejmujących ówczesne centrum, głównych ulicach miasta. Ogniskowało się ono wokół pryncypalnej ulicy Petersburskiej (obecnie ul. Kościuszki), o której kilkadziesiąt lat później pisano, że skupia w sobie niemal całe życie suwalczan; przy niej usadowiły się najpiękniejsze gmachy, biura, hotele, a na placach sąsiednich, jako odnogach – świątynie. Jednocześnie z rozbudową rosła liczba ludności, która w roku 1857 wzrosła do 11273, a w 1872 do blisko 20 tysięcy.
Dzięki temu Suwałki znalazły się wśród czterech najludniejszych miast Królestwa Polskiego, ustępując pod tym względem jedynie Warszawie, Łodzi i Lublinowi. Gwałtownie wzrosła też liczba ludności żydowskiej, która stanowiła wówczas blisko połowę mieszkańców, a w połowie lat 60. XIX stulecia 63%. Mozaikę wyznaniową i narodowościową miasta uzupełniali, ewangelicy, staroobrzędowcy i wyznawcy prawosławia – w większości Rosjanie, którzy coraz liczniej przybywali do miasta jako urzędnicy, nauczyciele i wojskowi. Jeszcze w połowie XIX stulecia, wiele suwalskich rodzin utrzymywało się z uprawy roli, wyraźnie wzrosło jednak znaczenie rzemiosła oraz handlu.
Powstały też nieliczne zakłady i fabryki, do których zaliczano wówczas: fabrykę tytoniu i tabaki, trzy fabryki świec łojowych, trzy garbarnie, dwa browary oraz cegielnię. Ton życiu miasta nadawali jednak urzędnicy, stąd stolica guberni często określana była mianem kolonii urzędniczej. Prócz roli centrum administracyjnego, miasto stało się wówczas, ośrodkiem życia kulturalnego i oświatowego. Powstały tu pierwsze hotele, księgarnie i czytelnie. Regularnie w stolicy guberni gościły zespoły i grupy teatralne, często odbywały się koncerty muzyczne. Od końca lat trzydziestych działała średnia szkoła męska. Młodzież żeńska mogła się kształcić w kilku pensjach prywatnych, a od 1866 roku w rządowym gimnazjum żeńskim.
Nie ominęły miasta również burzliwe wydarzenia powstania styczniowego, które spotkało się z poparciem miejscowego społeczeństwa. Wielu mieszkańców wzięło też bezpośredni udział w walkach, przystępując do działających na Suwalszczyźnie oddziałów powstańczych. W 1866 roku, w życie weszła kolejna reforma administracji, na mocy której, okrojona o część południową gubernia, otrzymała nazwę suwalskiej. Stolica regionu, stopniowo wkraczała jednak w okres zastoju. Wraz z uruchomieniem w 1862 roku kolei warszawsko-petersburskiej, która ominęła Suwalszczyznę, miasto utraciło rolę punktu etapowego przy ważnym szlaku komunikacyjnym. Brak było przemysłu. Słabo rozwijał się handel. Dopiero na przełomie XIX i XX stulecia, pewne ożywienie wniosło ze sobą rozlokowanie na terenie Suwałk licznych oddziałów carskiego wojska i co za tym szło, budowa otaczających miasto, rozległych kompleksów koszarowych.
Wówczas też do miasta dotarła linia kolejowa, łącząca je z Oranami i Grodnem. Ogólny zastój znajdował swój wyraz również w życiu społecznym i kulturalnym, a zmiany w tych dziedzinach życia, przyniosły ze sobą dopiero wydarzenia lat 1905–1906. Ustępstwa władz i wzrost aktywności miejscowego społeczeństwa zaowocował wówczas powstaniem różnorodnych organizacji i instytucji społecznych, wokół których skupiło się liczne grono polskiej inteligencji. Założono m.in. polską szkołę handlową, pierwszy terenowy oddział Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego, Czytelnię Naukową i Muzeum Ziemi Suwalskiej. Po latach ucisku i rusyfikacji, pojawiło się pierwsze pismo w języku polskim – „Tygodnik Suwalski”. Rozwijał się rodzimy, amatorski, ruch artystyczny. Prężnie działały polskie instytucje spółdzielcze i oszczędnościowo-kredytowe. W tajemnicy przed zaborcą odradzał się również ruch niepodległościowy.
W 1921 roku liczyło 16780 mieszkańców, a w końcu lat trzydziestych blisko 25 tysięcy. Około jednej trzeciej ludności stanowili Żydzi. Źródłem utrzymania większości mieszkańców było rzemiosło, rolnictwo i handel. W mieście działały jedynie trzy większe zakłady przemysłowe: Browar Udziałowy, Spółka „Rola” (produkująca głównie narzędzia i maszyny rolnicze) oraz oddana do użytku w 1931 roku Elektrownia Miejska. Prowincjonalne położenie miasta wyraźnie hamowało jego rozwój. Duże znaczenie odgrywało natomiast wojsko. Dzięki odziedziczonym po Rosjanach kompleksom koszar, Suwałki stały się bowiem jednym z większych garnizonów międzywojennej Polski. W końcu lat trzydziestych w jego skład wchodziły: 41. Suwalski Pułk Piechoty Marszałka Józefa Piłsudskiego i 1. dywizjon 29. Pułku Artylerii Lekkiej (ze składu 29. Dywizji Piechoty w Grodnie) oraz oddziały Suwalskiej Brygady Kawalerii: dowództwo brygady, 2. Pułk Ułanów Grochowskich im. gen. Józefa Dwernickiego, 3. Pułk Szwoleżerów Mazowieckich im. płk Jana Kozietulskiego, 4. Dywizjon Artylerii Konnej oraz 11. szwadron łączności SBK. Od 1927 roku w Suwałkach kwaterował również batalion KOP „Suwałki” rozwiązany w początku 1939 roku. W czasie kampanii wrześniowej oddziały te wsławiły się m.in. walkami w obronie Warszawy i bitwie pod Kockiem. Po 17 września, część z nich brała również udział w walkach z wkraczającą na kresy wschodnie Armią Czerwoną.
W końcu września 1939 roku, po opuszczeniu Suwałk przez oddziały Wojska Polskiego do miasta na krótko wkroczyły oddziały sowieckie. 12 października, na mocy niemiecko-sowieckiego układu o przyjaźni i granicach, Rosjanie opuścili jednak miasto, a zajęły je wojska niemieckie. Suwałki, nazwane przez Niemców Sudauen, zostały wcielone do Rzeszy. Już w początkowym okresie okupacji, na terenie miasta samorzutnie rozpoczęły działalność pierwsze organizacje konspiracyjne m.in. grupy: kpt. Stanisława Bielickiego „Ziomka”, Mariana Świtalskiego, Jakuba Śliwińskiego, Stanisława Wydornika. Większość z nich została szybko rozbita, a ich członkowie aresztowani. Ci którzy ocaleli zasilili szeregi Związku Walki Zbrojnej, a później Armii Krajowej. Na terenie Suwalszczyzny powstały wówczas liczne oddziały partyzanckie, a Obwód Suwałki AK stał się najliczniejszym w całym Okręgu Białostockim. Już od pierwszych dni okupacji niemieckiej, rozpoczęły się prześladowania ludności cywilnej. Wkrótce po zajęciu Suwałk, Niemcy zażądali od Żydów opuszczenia miasta, a tych którzy pozostali, w początkach grudnia, wywieźli do obozów zagłady. W kwietniu 1940 roku, masowe aresztowania dotknęły miejscową inteligencję: nauczycieli, urzędników, księży i działaczy społecznych. Akty terroru, prześladowania i wywózki na przymusowe roboty trwały przez cały okres okupacji. Latem 1941 roku, w podsuwalskiej Krzywólce, Niemcy założyli obóz, w którym w tragicznych warunkach, przetrzymywanych było kilkadziesiąt tysięcy jeńców radzieckich (według różnych danych, zginęło i zmarło w nim od 30 do 46 tysięcy osób). Okupację Suwałk zakończyły ciężkie walki i wkroczenie do miasta, 23 października 1944 roku, wojsk 3. Frontu Białoruskiego.
Wraz ze zmianą sytuacji politycznej i równolegle z procesem kształtowania się tzw. „władzy ludowej”, rozgrywał się dramat powojennego podziemia zbrojnego. Z jednej strony, tworzyły się struktury władz administracyjnych, partii i organów bezpieczeństwa, z drugiej zaś, przeciwstawiające się im oddziały AKO i WiN, które na Suwalszczyźnie działały aż do początku lat pięćdziesiątych. Po zakończeniu działań wojennych Suwałki pełniły funkcję siedziby władz powiatowych. Rozwój miasta postępował jednak wolno, a zasadniczy zwrot nastąpił dopiero w 1975 roku, wraz z wejściem w życie nowego podziału administracyjnego kraju i awansem Suwałk do rangi stolicy województwa. Gwałtownie wzrosła wówczas liczba mieszkańców (w 1980 roku było ich 36 tysięcy, a w 1995 ok. 65 tysięcy). Powstały nowe, zatrudniające wielu pracowników, zakłady przemysłowe oraz osiedla mieszkaniowe. Miasto stało się znaczącym ośrodkiem handlu, turystyki, kultury i oświaty. Poważne zmiany nastąpiły po przemianach społeczno-gospodarczych 1989 roku. Działające w mieście zakłady z trudem dostosowywały się do warunków gospodarki rynkowej, co pociągnęło za sobą pojawienie się dużego bezrobocia. Po kolejnej reformie administracji, która weszła w życie w początku 1999 roku, miasto po raz drugi w swojej historii, utraciło status miasta wojewódzkiego. Obecnie Suwałki są siedzibą władz powiatu ziemskiego oraz grodzkiego i liczą około 70 tysięcy mieszkańców.