Początki istnienia placówki to rok 1921. Pierwsze zbiory to głównie dokumenty z XIX w. pozostałe po administracji guberni suwalskiej – wojewódzkiej i miejskiej, akta sądowe i zakładowe. W 1926 r. po wstępnym uporządkowaniu wywiezione do Grodna.
Dotąd nie są do końca znane losy tych cennych dla Suwałk i Suwalszczyzny archiwaliów. Po drugiej wojnie światowej wznowienie działalności jako jednostki administracji państwowej specjalnej. Od 1954 r. funkcjonuje pod nazwą Powiatowe Archiwum Państwowe w Suwałkach, podległe wojewódzkiemu archiwum w Białymstoku. Od 1955 r. samodzielna placówka obejmująca powiaty suwalski, sejneński i augustowski. Od 1976 r. status placówki wojewódzkiej z oddziałem w Ełku powołanym w 1954 r. W 2005 r. Archiwum Państwowe w Suwałkach gromadziło ponad 650 zespołów archiwalnych, liczących ponad 1600 metrów bieżących akt i prawie 200.000 jednostek inwentarzowych (akt – ksiąg, teczek i poszytów, a także fotografii, nagrań, map, planów, dokumentacji technicznej, druków ulotnych).
Archiwum jest organizatorem i gospodarzem szeregu konferencji naukowych i popularnonaukowych dotyczących Suwałk i regionu. Uhonorowane tytułem „Zasłużony dla Miasta Suwałk" w 2006 r. W czwartym kwartale 2009 r. zbiory archiwum obejmowało już ponad 670 zespołów archiwalnych, liczących prawie 1700 metrów bieżących akt i ponad 250.000 jednostek inwentarzowych (akt – ksiąg, teczek i poszytów, a także fotografii, nagrań, map, planów, dokumentacji technicznej, druków ulotnych).
